研究人员已经开发出一种方法，可以从临床下一代测序中准确检测病毒，并描述特定肿瘤和病毒之间值得进一步研究的新关联。这些信息使得在治疗方案中考虑病毒状态更加可行。他们的发现发表在Elsevier出版的TheJournalofMolecularDiagnostics上。
病毒通常从正常人体细胞转移到实体瘤中的恶性细胞。然而，病毒检测在目前的临床实践中是有限的。病毒的普遍筛查在技术上或财政上都不可行，因为目前的护理技术标准是单一的、昂贵的并且具有挑战性的工作流程。
研究人员开发了一种数字减法技术，该技术从测序分析中删除人类基因组细胞，以识别病毒DNA的存在作为质量保证(QA)过程。这种生物信息学技术不需要额外的测序，并且可以以最小的额外成本实现病毒检测。他们的结果与肿瘤病毒鉴定的标准临床方法相当。
我们决定查看通常与病毒相关的肿瘤类型，并且在几乎所有情况下，QA工具都检测到了我们预期的病毒。有了这一令人鼓舞的发现，我们决定将该方法改进为微生物组检测管道并扩展分析，以了解该方法在检测临床相关病毒和发现意外病毒-肿瘤关系方面的效果如何。”
该研究是癌症中人类DNA病毒检测规模最大、最全面的研究。它使用了2014年1月至2020年10月从48,148个实体瘤中收集的数据，这些实体瘤由食品和药物管理局批准的针对晚期实体瘤患者的肿瘤分析测定进行测序。BLAST(基本局部比对搜索工具)算法将肿瘤中存在的非人类(未映射)测序读数与国家生物技术信息中心病毒数据库中的所有人类病毒进行比较。研究人员使用跨肿瘤类型和病毒种类的多种方法交叉验证了他们的结果，发现他们的方法在检测高风险人乳头瘤病毒(HPV)和EpsteinBarre病毒(EBV)方面具有与临床原位验证相当的灵敏度杂交和扩增方法。
研究人员随后扩展分析以发现新的肿瘤病毒关联。使用独立数据集验证了神经母细胞瘤中的人类疱疹病毒(HHV)6与食管胃癌中的HHV7之间先前未报道的关联。他们还发现HPV42与指乳头状腺癌之间存在新的关联。与执行费力的单一病毒发现分析相比，仅通过数据分析访问数据以进行发现允许资源专门用于研究病毒可能在肿瘤发生中发挥的作用并考虑病毒知情疗法。
“该项目的研究结果进一步支持了研究微生物组在疾病中的作用的相关性，而本研究中使用的方法可移植到较小的实验室，”纪念病理学系的联合研究员AnitaS.Bowman说。斯隆凯特琳癌症中心，纽约，纽约，。“在快节奏的肿瘤学世界中，有效识别这些肿瘤-病毒关系增加了集体知识库，还可能导致改进的治疗选择。最终，了解病毒感染后的肿瘤发生将有助于实现我们拯救生命的共同目标。"